Recopilar sistemáticamente la ingente producción de D. José Miguel de Barandiaran, tanto publicada como inédita, catalogando y archivando los textos originales de todos sus escritos, así como sus conversaciones, conferencias, discursos o cualquier otra aportación oral que hubiera sido recogida magnéticamente, mediante filmación o cualquier otro medio.

Promover una cuidada edición crítica de toda su producción científica, creando para ello oportunos comités de expertos.

Estudiar su vida, pensamiento y aportación a la ciencia y a la cultura, divulgando su obra tanto en el ámbito nacional como en el internacional.

Continuar la labor investigadora iniciada y proseguida por D. José Miguel de Barandiaran a lo largo de su vida, del Atlas Etnográfico de Euskal Herria. Para ello, potenciará y dotará de medios a los diversos grupos ETNIKER que, creados y formados por él en los distintos territorios de Vasconia, vienen trabajando en este proyecto.

Fomentar en el área de Euskal Herria, programas y becas de investigación en las disciplinas por él trabajadas, que son: Prehistoria, Arqueología, Antropología y Etnología.

Promover cursos, seminarios, conferencias u otras actividades análogas, y editar los resultados de las investigaciones y estudios promovidos por la propia Fundación.

Cualesquiera otros medios que permitan a la Fundación el mejor cumplimiento de su fin.