En 1956, il commence à rééditer le « Anuario de Eusko Folklore » à partir du tome XV, avec le patronage de la « Sociedad de Ciencias Aranzadi » et il reprend ses recherches archéologiques, créant des nouvelles équipes de jeunes chercheurs. Fouilles des gisements de Leizetxiki, Aitzbitarte, Kurtzia, Atxeta, Urtiaga, Axlor, Ekain, entre autres.

De 1965 à 1977, il occupe la chaire d´Ethnologie Basque créée à l´Université de Navarre. Il dresse le plan Etniker, formant dans toutes les régions basques, des équipes de chercheurs et collaborateurs dont la tâche était de réaliser un plan systématique de recherche ethnographique dans le but d´élaborer l´Atlas Ethnographique du Pays Basque.

En 1972, l´encyclopédie basque de Bilbao commence à publier ses oeuvres complètes qui occupent un total de 22 tomes.

En 1973, il créa le groupe de recherche ethnographique Etniker Biscaye qui siège à la Euskal Bibliothèque Labayru de Derio.

En 1976, en compagnie de Mr. Manuel Lekuona, Drs. Irigaray et Garate, Mr. Manuel de Irujo et Mr. Agustín Zumalabe, membres de la dernière assemblée permanente de la « Sociedad de Estudios Vascos », il met en marche cette Société à nouveau. Lors de l´assemblée générale d´Oñate, en septembre de cette même année, il est nommé président de Eusko Ikaskuntza à l´unanimité.

En avril 1978, il est nommé Docteur Honoris Causa par l´Université du Pays Basque et en 1981 par la Faculté de Théologie de Vitoria.

En 1983, il est nommé enfant chéri de la province par le Conseil « Foral » de Guipúzcoa.

En octobre 1986, il est nommé Docteur Honoris Causa par l´Université de Deusto.

Le 28 janvier 1987, dans un acte solennel, célébré au grand amphithéâtre de l´Université Complutense de Madrid et en présence de toute l´assemblée des professeurs, il reçoit le Doctorat Honoris Causa.

En décembre 1987, Eusko Jaurlaritza (le Gouvernement Basque) lui accorde la croix de l´arbre de Gernika.

José Miguel de Barandiarán mourut à Ataun, le 21 décembre 1991, à l´âge de 101 ans.